De kern van het orgel in de Noorderkerk bestaat uit twee basiselementen: de prestantenplena op alle werken en de tongwerken, waarbij de trompettenfamilie op alle werken is vertegenwoordigd en alle werken een 16-voetstongwerk hebben. Het front is vormgegeven in klassieke stijl.
Het instrument telt 2377 pijpen, waarvan er 2332 spreken. Bij het vervaardigen van het pijpwerk gebruikte Van Eeken methoden die tot het einde van de achttiende eeuw gangbaar waren. Het orgelmetaal is samengesteld uit lood en tin met een chemische samenstelling die sterk overeenkomt met het historische metaal.
Het orgelmetaal is op een zandbed gegoten en met de hand geschaafd. Deze manier van gieten en bewerken heeft volgens de orgelbouwer een belangrijke positieve invloed op de akoestische eigenschappen van het orgelmetaal. Het onderzoek dat voor de ontwikkeling van dit productieproces nodig was, is belangrijkste reden voor de vertraagde oplevering, die aanvankelijk in december 2001 was gepland.
Het Van Eeken-orgel vervangt een uit 1938 daterend instrument van een onbekende bouwer. M. K. Koppejan Orgelfabriek plaatste dit orgel over van de Walkerk naar de in 1955 gebouwde Noorderkerk, voorzag het van een nieuw front en wijzigde de dispositie.
Dispositie
Hoofdwerk: Prestant 16”, discant dubbel, Octaaf 8”, discant dubbel, Viola di Gamba 8”, Roerfluit 8”, Quintadena 8”, Octaaf 4”, Quint 3”, discant dubbel, Gemshoorn 2”, Mixtuur IV-VIII, Trompet 16”, Trompet 8”, Vox Humana 8”.
Rugwerk: Prestant 8”, discant dubbel, Cornet IV discant, Holpijp 8”, Octaaf 4”, Roerfluit 4”, Quint 3”, discant dubbel, Superoctaaf 2”, Mixtuur III-VI, Tertiaan II, Fagot 16”, Trompet 8”.
Pedaal: Prestant 16”, Roerquint 12”, Octaaf 8”, Octaaf 4”, Ruispijp V, Bazuin 16”, Trompet 8”, Trompet 4”, Cornet 2”. Tremulant rugwerk, tremulant gehele orgel, stemming naar Kellner.